Чтобы обновить решение, необходимо:
1) Скачать последние обновления из Marketplace
2) Перейти в список мастеров и запустить мастер установки решения onlinestore: http://prntscr.com/9hxd9t
3) На первом шаге выбрать сайт, на который устанавливаем обновление: http://prntscr.com/9hxdwr
4) Выбрать пункт "установить обновление": http://prntscr.com/9hxe4j

Внимание! При обновлении типового решения " OnlineStore" будет создан новый шаблон сайта и выбран по-умолчанию. Шаблон сайта предыдущей версии OnlineStore будет сохранен. Это значит, что все внесенные правки в шаблон останутся в старом шаблоне и их необходимо будет перенести в новый шаблон. В публичной части, все измененные файлы будут сохранены рядом с новыми с постфиксом даты обновления.

Если на втором шаге нету пункта "установить обновление", то необходимо проверить название шаблона, название шаблона должно быть такое же, как при установке: http://prntscr.com/9hxf7u